Anotacija genskih nakupina poliketida i hibridnih sustava u genomu bakterije Streptomyces scabies

diplomski rad

• Naslov (engleski): Anotaion of polyketide and hybrid bgene-clusters in Streptomyces scabies genome
• Autor: Ida Trninić
• Mentor: Daslav Hranueli (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Kabinet za bioinformatiku); Zagreb
• Datum i država obrane: 2009-11-10, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Poliketidi i neribosomalno sintetizirani peptidi su najznačajniji predstavnici sekundarnih metabolita. U zadnje vrijeme sve veću pozornost privlače i hibridni sustavi. Mehanizmi sinteze navedenih sekundarnih metabolita zasnivaju se na enzimskim kompleksima nazvanim poliketid sintaze (PKS) i sintetaze neribosomalnih peptida (NRPS). U biosintezi hibridnih sustava uključeni su enzimski kompleksi obje skupine. Geni čiji enzimi sudjeluju u biosintezi sekundarnih metabolita obično su organizirani u genske nakupine. Cilj ovog diplomskog rada bio je sistematizirati znanje o dosada istraženim i detaljno opisanim biosintetskim mehanizmima sustava PKS i hibrida. Takav pristup trebao bi dovesti do bolje klasifikacije navedenih sekundarnih metabolita. Taj je pristup testiran na novosekvencioniranom i do sada neopisanom genomu bakterije Streptomyces scabies. Osnovni alat koji je upotrijebljen u ovom radu jest bioinformatički programski paket ClustScan razvijen na Prehrambeno-biotehnološkom fakultetu Sveuĉilišta u Zagrebu.

Sažetak (engleski)

Polyketides and nonribosomal peptides represent most valued bioactive compounds among secondary metabolites. Recently their hybrid systems also attract a lot of attention. The biosynthetic mechanisms involved in the production of these compounds are based on large multifunctional enzymes called polyketide synthases (PKS) and nonribosomal peptide synthetases (NRPS). Genes coding for these systems in bacteria or fungi are usually arranged in the gene clusters. The goal of this work was to try to systematize existing knowledge on these enzymes and produce a better, more detailed classification which could help distinguish them on the level of DNA sequence. This classification was tested on a newly sequenced un-annotated genome of Streptomyces scabies. The main bioinformatic tool used in this work has been the ClustScan program package, a computer program developed at the Faculty of Food Technology and Biotechnology.

• Ključne riječi: PKS genske nakupine; hibridne genske nakupine; genom bakterije Streptomyces scabies; raĉunalni programski paket ClustScan
• Ključne riječi (engleski): PKS gene-clusters; hybrid gene-clusters; Streptomyces scabies genome; ClustScan program package
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:985941
• Studijski program: Naziv: Biotehnologija; smjerovi: Biokemijsko-mikrobiološki; Smjer: Biokemijsko-mikrobiološki; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: dodiplomski; Akademski / stručni naziv: diplomirani inženjer biotehnologije; smjer biokemijsko-mikrobiološki (dipl. ing. bioteh.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-09-01 07:55:45