Konstrukcija baze podataka za modularne poliketide i neribosomske peptide

diplomski rad

• Naslov (engleski): Construction of a database for modular polyketides and non-ribosomal peptides
• Autor: Antonio Starčević
• Mentor: Daslav Hranueli (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Kabinet za bioinformatiku); Zagreb
• Datum i država obrane: 2004-12-14, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Poliketidi i neribosomski peptidi dvije su najveće skupine mikrobnih sekundarnih metabolita, od kojih mnogi imaju biološki aktivna svojstva. Njihov biosintetski put započinje uzastopnom kondenzacijom jednostavnih građevnih jedinica, te dovodi do izgradnje ugljikovih, tj. peptidnih, lanaca određenih dužina katalitičkim djelovanjem ponavljajućih ili modularnih poliketid sintaza (PKS) i sintaza neribosomskih polipeptida (NRPS). Do sada je kloniran i sekvenciran vrlo velik broj modularnih PKS, NRPS i miješanih modularnih PKS-NRPS sustava. Sekvenciranje svih tih genskih nakupina ukazuje na mogućnost modeliranja procesa rekombinacije između modularnih sintaza pomoću računalnog programa. U konačnici, taj računalni program pruža mogućnost predviđanja kemijskih struktura novonastalih supstancija. Za potrebe tog programa, u ovom je diplomskom radu izrađena baza podataka poznatih poliketida i neribosomskih peptida. Biološki su podaci pohranjeni u relacijskoj bazi podataka MySQL, za čije je upravljanje upotrijebljen računalni jezik SQL. Bazu podataka podržavat će operacijski sustav Linux. Relacijska baza bioloških podataka sadržava: sekvencije DNA i proteina genskih nakupina, gena, modula i domena; kemijske strukture konačnih produkata; metaboličke putove biosinteze i pripadajuću znanstvenu literaturu.

Sažetak (engleski)

Polyketides and non-ribosomal peptides are two largest groups of microbial secondary metabolites. They are synthesised by a series of cycles in which new residues are added to the growing chain of the molecule by iterative or modular polyketide synthase (PKS) or non-ribosomal peptide synthase (NRPS). Up till now, a large number of modular PKS, NRPS or mixed PKS-NRPS systems has been cloned and sequenced. Sequencing of these gene clusters revealed the possibility of modelling the recombination process between modular synthases by a computer program. At the end, such a program allows the prediction of chemical structure of novel compounds. In this diploma work, the biological database of known polyketides and non-ribosomal peptides has been constructed in order to assist the developed computer program. Biological data are stored in relational database MySQL using Sequence Query Language. The database is supported by the Linux operating system. Relational biological database contains: DNA and protein sequences of gene clusters, genes, modules and domains; chemical structures of final products; metabolic biosynthetic pathways and accompanying scientific literature.

• Ključne riječi: računalni operativni sustav Linux; baza podataka MySQL; računalni jezik SQL; neribosomski peptidi; poliketidi
• Ključne riječi (engleski): Linux operating system; MySQL database; Structured Query Language; non-ribosomal peptides; polyketides
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:273017
• Studijski program: Naziv: Biotehnologija; smjerovi: Biokemijsko-mikrobiološki; Smjer: Biokemijsko-mikrobiološki; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: dodiplomski; Akademski / stručni naziv: diplomirani inženjer biotehnologije; smjer biokemijsko-mikrobiološki (dipl. ing. bioteh.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-09-12 13:08:27