In silico karakterizacija metagenomskih alkan 1-monooksigenaza

diplomski rad

• Naslov (engleski): In silico characterisation of metagenomic alkane 1-monooxygenases
• Autor: Davor Oršolić
• Mentor: Jurica Žučko (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Kabinet za bioinformatiku); Zagreb
• Datum i država obrane: 2015-09-28, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Cilj istraživanja bio je provesti filogenetsku analizu, funkcionalnu karakterizaciju i trodimenzionalno strukturno modeliranje hipotetskih alkan monooksigenaza iz metagenomske knjižnice sastavljene iz umjereno onečišćenog uzorka sakupljenog iz sedimenta lučnog sidrišta u Puli. Filogenetska analiza provedena je s pomoću MEGA programa, te je dala hipotetski prikaz evolucijske povezanosti između proteina. Funkcionalnom karakterizacijom putem UniProt, InterPro i CD baze podataka potvrđena je pripadnost ispitivanih proteina alkan 1-monooksigenazama, dok strukturno modeliranje s pomoću SWISS-MODEL i I-TASSER web servisa nisu dali značajne rezultate niti za jedan od proteina. Neuspjelost strukturnog modeliranja pripisana je nedostatku homolognih proteina s eksperimentalno određenom trodimenzionalnom strukturom.

Sažetak (engleski)

Phylogenetic analysis, functional characterization and structural modeling of putative alkan monooxygenases from metagenomic library constructed from a moderately polluted sample collected from a tanker berth station in Pula was performed. Phylogenetic analysis conducted via MEGA software resulted in phylogenetic tree representing hypothesis of evolutionary relationships between proteins. Functional characterization using UniProt, InterPro and CDD search engines confirmed similarities between putative proteins and alkan 1-monooxygenases, while structural modeling via SWISS-MODEL and I-TASSER server didn't give significant results. Inefficiency of structural modeling was attributed to absence of homologous proteins with experimentally determined three-dimensional structure.

• Ključne riječi: alkB; metagenomska knjižnica; karakterizacija; filogenetsko stablo; razgradnja alkana
• Ključne riječi (engleski): alkB; metagenomic library; characterization; phylogenetic tree; alkane degradation
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:068577
• Studijski program: Naziv: Molekularna biotehnologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-04-28 12:40:09