Identifikacija ključnih mikrobnih vrsta u mikrobioti hrvatske populacije

diplomski rad

• Naslov (engleski): Identification of core microbial species from Croatian population's microbiota
• Autor: Bruna Krneta
• Mentor: Antonio Starčević (mentor)
• Mentor: Jurica Žučko (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
• Mentor: Damir Oros (pomoć pri izradi, neposredni voditelj)
• Član povjerenstva: Blaženka Kos (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Jurica Žučko (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Jasna Novak (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Kabinet za bioinformatiku); Zagreb
• Datum i država obrane: 2023-04-07, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Gastrointestinalna mikrobiota odraz je genetike, načina života i prehrane te je u neposrednoj vezi sa zdravljem pojedinca. Njena uloga u homeostazi organizma je esencijalna te je kao takva predmet sve češćih istraživanja sastava mikrobiote. Hrvatska prati trend urbanizacije, promjene načina života i prehrane koja sve više nalikuje zapadnjačkoj, a rezultat toga je visoka pojavnost pretilosti i kroničnih nezaraznih bolesti. Cilj ovog rada bio je odrediti raznolikost te taksonomski sastav crijevne mikrobiote 59 ispitanika metagenomskom analizom fecesa. Primjenjene su molekularno-genetičke metode lančana reakcija polimerazom i amplikon sekvenciranje, a rezultati su analizirani bioinformatičkom platformom. Širok raspon vrijednosti alfa raznolikosti te visoka razina beta raznolikosti potvrdile su značajne interpersonalne varijacije raznolikosti sastava. Biomarker pretilosti - povećan omjer koljena Firmicutes naspram Bacteroidota prisutan je u > 22 % ispitanika. Dominantni rodovi odraz su prehrane s prekomjernim unosom ugljikohidrata, animalnih proteina i zasićenih masti. U ispitanika narušenog zdravlja utvrđene su promjene zastupljenosti određenih bakterijskih rodova.

Sažetak (engleski)

Gastrointestinal microbiota is affected by genetics, lifestyle and diet, and is correlated with health. Its role in organisms’ homeostasis is essential so microbiota has become a common research topic lately. Croatia follows a trend of urbanization, lifestyle and dietary changes belonging to a western culture dietary patterns that results with high occurrence of obesity and chronic diseases. The aim of this work was to determine diversity and taxonomy composition of microbiota of 59 individuals by feces metagenomic analysis. Methods including polymerase chain reaction and amplicon sequencing were applied and the obtained results were analyzed. Wide range of alpha diversity values and high beta diversity confirmed significant interpersonal variations of compositional diversity. The biomarker of obesity – high Firmicutes to Bacteroidota ratio was detected in > 22 % of participants. Key bacterial genera reflect the diet that includes high intake of carbohydrates, animal proteins and saturated fats. Relative abundances of specific genera are correlated in microbiota of unhealthy individuals.

• Ključne riječi: gastrointestinalna mikrobiota; metagenom; amplikon sekvenciranje; bioinformatička platforma
• Ključne riječi (engleski): gastrointestinal microbiota; metagenomic; amplicon sequencing; bioinformatic platform
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:687825
• Studijski program: Naziv: Molekularna biotehnologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-05-21 12:31:27