Rekombinogenost pseudopalindroma u genomu kvasca Saccharomyces cerevisiae

diplomski rad

• Naslov (engleski): Recombinogenicity of pseudopalindromes in yeast Saccharomyces cerevisiae
• Autor: Nikolina Gardlo
• Mentor: Ivan-Krešimir Svetec (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Laboratorij za biologiju i genetiku mikroorganizama); Zagreb
• Datum i država obrane: 2012-07-12, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Genomi svih organizama, a posebice viših eukariota, sadrže značajan udio ponovljenih sekvencija. Posebnu skupinu ponovljenih sekvencija čine bliska obrnuta ponavljanja, a nazivaju se palindromi (ili savršeni palindromi) i pseudopalindromi (nesavršeni palindromi). Naime, palindromi su identična obrnuta ponavljanja između kojih nema razmaka, dok ponavljanja u pseudopalindromima nisu identična i/ili između njih postoji razmak od jednog ili više parova baza (pb). Palindromi i pseudopalindromi u molekuli DNA mogu tvoriti sekundarne strukture koje mogu uzrokovati lomove kromosoma što zatim može dovesti do genetičkih bolesti kod ljudi. U ovom radu provedeno je istraživanje utjecaja udaljenost obrnutih ponavljanja unutar pseudopalindroma na njihovu rekombinogenost pri čemu je kao eksperimentalni organizam korišten kvasac Saccharomyces cerevisiae. Dobiveni rezultati pokazuju da umetanje razmaknice duljine 4 pb u centar palindroma od 126 pb ne smanjuje njegovu rekombinogenost, dok razmaknica duljine 10 pb potpuno stabilizira palindrome duljine 126 i 150 pb.

Sažetak (engleski)

Genomes of all organisms, especially of higher eukaryotes, contain a significant proportion of repeated sequences. A special group of inverted repeats are closely spaced inverted repeats known as palindromes (perfect palindromes) and pseuodopalindromes (imperfect palindromes). A palindrome is composed of two identical inverted repeats which are not separated, whereas inverted repeats in pseudopalindromes are not identical and/or they are separated by one or more base pairs (bp). Palindromes and pseudopalindromes can form DNA secondary structures which can lead to genetic diseases in human. In this study the influence of pseudopalindromes, i.e. the distance between inverted repeats on its recombinogenicity was investigated. As experimental organism yeast Saccharomyces cerevisiae was used. The results of this study showed that the insertion of 4 bp spacer DNA in the center of a 126 bp long palindrome does not reduce its recombinogenicity, but the 10 bp spacer DNA completely abolishes recombinogenicity of 126 and 150 bp long palindromes.

• Ključne riječi: palindromi; pseudopalindromi; obrnuta ponavljanja; genetička (ne)stabilnost; kvasac Saccharomyces cerevisiae
• Ključne riječi (engleski): palindromes; pseudopalindromes; inverted repeats; genetic (in)stability; yeast Saccharomyces cerevisiae.
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:366831
• Studijski program: Naziv: Molekularna biotehnologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-05-08 11:51:04