Identifikacija čimbenika i potencijalnih inhibitora virulencije bakterije Pseudomonas aeruginosa fenotipskom analizom kvasca

diplomski rad

• Naslov (engleski): Genome-wide identification of Pseudomonas aeruginosa virulence activities and their small molecule inhibitors using phenotypic screens in yeast
• Autor: Lana Ljuma
• Mentor: Zoran Zgaga (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Laboratorij za biologiju i genetiku mikroorganizama); Zagreb
• Datum i država obrane: 2006-06-01, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Bakterija Pseudomonas aeruginosa je oportunistički patogen u ljudi, visoko rezistentna na mnoge antimikrobne agense i može razviti visok stupanj višestruke rezistencije na antibiotike, zbog čega se javila potreba za otkrivanjem novih metoda pronalaska ciljnih molekula za djelovanje lijekova. U ovom radu je razvijen novi pristup korištenja kvaščevih stanica kako bi se identificirali i okarakterizirali potencijalni ciljni geni bakterije P. aeruginosa PAO-1. Koristeći GatewayTM tehnologiju, zbirka 505 PAO-1 gena, uključenih u esencijalne stanične procese i virulenciju, bila je prebačena u kvaščev vektor koji je sadržavao inducibilan promotor. Nakon transformacije kvasca Saccharomyces cerevisiae, kvaščeve stanice su bile nacijepljene na podlogu na kojoj je bila inducirana ekspresija PAO-1 gena. Koristeći ovaj pristup, selektirana su četiri bakterijska toksina i šest esencijalnih gena kao potencijalne ciljne molekule za djelovanje lijekova. Geni koji su uzrokovali inhibiciju rasta kvaščevih stanica se trenutno koriste u drugom pretraživanju, kako bi se identificirali kemijski spojevi koji mogu revertirati inhibiciju rasta. Ovaj pristup, temeljen na korištenju cijelih kvaščevih stanica će proširiti primjenu "high through-put" tehnika funkcionalne genomike na patogene mikroorganizme kojima se teško eksperimentalno upravlja.

Sažetak (engleski)

Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic human pathogen, highly resistant to multiple antimicrobial agents and can develop high-level multidrug resistance, highlighting the crucial need for new drug target discovery methods. A novel yeast-based approach was developed to identify and characterize potential drug target genes of P. aeruginosa PAO-1. Using the GatewayTM technology, a collection of 505 selected PAO-1 ORFs involved in essential cellular processes and virulence, was transfered to a yeast vector containing an inducible promoter. After transformation in S. cerevisiae, yeast colonies were re-arrayed onto plates where the expression of PAO-1 ORFs was induced. Using such whole-cell approach, four bacterial toxins and six essential genes were selected as potential drug targets. These genes causing growth inhibition are currently being used in a second screen designed to identify chemical compounds capable of reverting the growth inhibition. Such a yeast-based approach will extend the application of high-throughput functional genomics techniques to pathogenic microorganisms that are not readily manipulated experimentally.

• Ključne riječi: ciljne molekule; inhibicija rasta; "high through-put" tehnologija; Pseudomonas aeruginosa; Saccharomyces cerevisiae
• Ključne riječi (engleski): drug target; growth inhibition; high through-put technology; Pseudomonas aeruginosa; Saccharomyces cerevisiae
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:650280
• Studijski program: Naziv: Biotehnologija; smjerovi: Biokemijsko-mikrobiološki; Smjer: Biokemijsko-mikrobiološki; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: dodiplomski; Akademski / stručni naziv: diplomirani inženjer biotehnologije; smjer biokemijsko-mikrobiološki (dipl. ing. bioteh.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-09-07 10:30:10