Ispitivanje proteinskih interakcija u kvascu Saccharomyces cerevisiae koristeći metodu in vivo koimunoprecipitacije i niz endogena obilježenih otvorenih okvira čitanja

diplomski rad

• Naslov (engleski): Testing for protein interactions in yeast Saccharomyces cerevisiae using the targeted in vivo co-immunoprecipitation assays and the array of endogenously tagged open reading frames
• Autor: Lucija Beneti
• Mentor: Zoran Zgaga (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Laboratorij za biologiju i genetiku mikroorganizama); Zagreb
• Datum i država obrane: 2006-04-06, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Razvijen je novi sistem za detekciju proteinskih interakcija u kvascu. Formirana je zbirka sojeva kvasaca koji eksprimiraju proteine, C-terminalno obilježene različitim epitopima sa svojih endogenih promotora, uključene u DNA replikaciju, rekombinaciju i popravak. „Mamac“ protein sadrži V5 i 6xHis, a “plijen” se razlikuje od “mamca” u 3xVSV umjesto 6xHis. U kvaščevoj stanici protein obilježen sa His će formirati fiziološki kompleks sa svojim interakcijskim partnerima pa koristeći koimunoprecipitacijsku metodu možemo izolirati „mamac“ i proteine koji s njim asociraju. Sistem je najprije korišen za reprodukciju interakcija opisanih u literaturi, a zatim i za detekciju proteina koji stupaju u interakcije sa Sae2, proteinom za kojeg se prepostavlja da ima ulogu u popravku dvostrukih lomova u DNA. Testiranje je rezultiralo pozitivnom interakcijom Sae2 sa Mre11, katalitičkom podjedinicom MRX kompleksa koji ima značajnu ulogu u procesiranju dvostrukih lomova u toku mejoze i mitoze.

Sažetak (engleski)

Novel system for the detection of protein-protein interactions has been developed. A yeast strain collection was generated expressing full-length proteins involved in DNA replication, repair and recombination, C-terminally tagged from their endogenous promoters with exogenous protein tags, i.e the bait with a 6-His tag while the preys are fused to a 3xVSV epitope tag. In the yeast cell, bait protein is going to form a physiological complex with its associating partners so using pull down assays bait and bait-associated proteins could be isolated and detected. System was first used to reproduce the previously described interactions from the literature and than to detect proteins interacting with Sae2, a protein with a proposed role in the repair of double-strand breaks (DSB). This small-scale screen resulted in positive interaction with Mre11, the catalytic subunit of the MRX complex that plays an important role in processing DSBs during meiosis and mitosis.

• Ključne riječi: endogeno obilježeni proteini; Mre11; Sae2 interakcijski partneri
• Ključne riječi (engleski): endogenously tagged proteins; Mre11; Sae2-interacting partners
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:964683
• Studijski program: Naziv: Biotehnologija; smjerovi: Biokemijsko-mikrobiološki; Smjer: Biokemijsko-mikrobiološki; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: dodiplomski; Akademski / stručni naziv: diplomirani inženjer biotehnologije; smjer biokemijsko-mikrobiološki (dipl. ing. bioteh.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Pristup korisnicima matične ustanove
• Datum i vrijeme pohrane: 2017-09-11 08:57:09