Izrada SQL upita za analizu bioloških podataka

diplomski rad

• Naslov (engleski): Building SQL queries for biological data analysis
• Autor: Andrea Plec
• Mentor: Janko Diminić (mentor)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Kabinet za bioinformatiku); Zagreb
• Datum i država obrane: 2019-12-12, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Zahvaljujući mnogim istraživanjima, crijevna mikrobiota se pokazala kao važna komponenta fiziologije čovjeka s kojim živi u mutualističkom odnosu. S obzirom da je riječ o kompleksnoj zajednici mikroorganizama na čiji sastav utječu mnogobrojni unutarnji i vanjski čimbenici, svaki pojedinac posjeduje jedinstveni sastav crijevne mikrobiote. Disbioza crijevne mikrobiote može dovesti do raznih upalnih i metaboličkih poremećaja, što može rezultirati bolestima. Utvrđivanje sličnosti i razlika među zdravim i bolesnim skupinama pojedinaca pruža mogućnost određivanja povezanosti sastava crijevne mikrobiote s tim poremećajima i bolestima. U tu svrhu se provodi sekvenciranje mnogobrojnih uzoraka crijevne mikrobiote, a dobivena očitanja se zatim bioinformatički obrađuju te se rezultati pohranjuju u baze podataka. U ovom radu je u sklopu računalnog paketa MySQL korištena baza podataka koja sadrži brojnosti pojedinih taksona za 1639 uzoraka crijevne mikrobiote. Korištenjem računalnog jezika SQL izrađeni su pohranjeni postupci za analizu raznolikosti sastava pojedinih uzoraka i procjenu prosječnog sastava za sve uzorke.

Sažetak (engleski)

According to numerous studies, gut microbiota lives in a mutualistically beneficial relationship with humans and has proven to be an important component of their physiology. Each individual has a unique gut microbiota composition, given that it’s a complex community of microorganisms whose composition is affected by many internal and external factors. Dysbiosis of the gut microbiota can lead to various inflammatory and metabolic disorders, which can result in illness. Determining similarities and differences among healthy and affected cohorts provides an opportunity to establish correlations between gut microbiota composition and various afflictions. Such research requires sequencing of numerous intestinal microbiota samples. The acquired sequence reads are then bioinformatically processed and the results are stored in databases. In order to build several stored procedures using SQL, a database containing taxa abundance of 1639 gut microbiota samples was used. The stored procedures were built within MySQL database management system, and used to analyze the composition diversity of individual samples and to estimate the average composition for all samples.

• Ključne riječi: bioinformatika; baza podataka; SQL; crijevna mikrobiota; bioraznolikost
• Ključne riječi (engleski): bioinformatics; database; SQL; gut microbiota; biodiversity
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:087957
• Studijski program: Naziv: Molekularna biotehnologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2020-01-28 12:06:09