Izrada sustava za generiranje izvještaja analiza humanog crijevnog mikrobioma

diplomski rad

• Naslov (engleski): Development of a system for generation of human intestinal microbiome analysis reports
• Autor: Selma Šerbečić
• Mentor: Janko Diminić (mentor)
• Član povjerenstva: Jurica Žučko (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Andreja Leboš-Pavunc (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Jasna Novak (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Prehrambeno-biotehnološki fakultet; (Zavod za biokemijsko inženjerstvo); (Kabinet za bioinformatiku); Zagreb
• Datum i država obrane: 2023-02-27, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOTEHNIČKE ZNANOSTI; Biotehnologija

Sažetak

Posljednjih godina crijevnoj mikrobioti čovjeka posvećuje se sve veća pozornost budući da mikroorganizmi koji nastanjuju gastrointestinalni trakt imaju važnu ulogu u bolesti i zdravlju domaćina. Kod zdravog pojedinca sastav crijevne mikrobiote relativno je stabilan, ali je podložan različitim čimbenicima koji mogu dovesti do disbioze crijeva što za posljedicu može imati razvoj određenih bolesti. U ovom radu nakon sekvenciranja umnoženih gena podaci su obrađeni u QIIME 2 programu te Microsoft Excelu nakon čega se koristio generirani automatizirani Word kako bi svaki ispitanik dobio izvještaj o sastavu crijevne mikrobiote. Analizom dobivenih rezultata istraživane populacije ustanovljeno je da su Firmicutes i Bacteroidetes dva najdominantnija koljena, a Bacteroides najzastupljeniji bakterijski rod koji je detektiran kod svih ispitanika. S druge strane, rod Prevotella detektiran je kod samo 4 ispitanika.

Sažetak (engleski)

In recent years, the human intestinal microbiota has received increasing attention, since the microorganisms that inhabit the gastrointestinal tract play an important role in diseases and health of the host. In a healthy individual, the composition of the intestinal microbiota is relatively stable, but it is liable to various factors that can lead to intestinal dysbiosis, which can result in the development of certain diseases. In this work, after the amplified genes were sequenced, the data were processed in the QIIME 2 program and Microsoft Excel, after which the generated automated Word was used to give each subject a report on the composition of the intestinal microbiota. Analyzing the results of the researched population, it was established that Firmicutes and Bacteroidetes are the two most dominant phylum, and Bacteroides is the most represented bacterial genus which was detected in all subjects. On the other hand, the genus Prevotella was detected in only 4 subjects.

• Ključne riječi: crijevna mikrobiota; QIIME program; Microsoft Excel; Microsoft Word
• Ključne riječi (engleski): gut microbiota; QIIME pipeline; Microsoft Excel; Microsoft Word
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:159:151058
• Studijski program: Naziv: Molekularna biotehnologija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka molekularne biotehnologije (mag. ing. biotechn.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2024-05-17 11:32:54